La costruzione venne iniziata nel 1505 e terminò nel 1513. La consacrazione, invece, avvenne il 14 maggio 1528 da parte del Vescovo di Como Cesare Tivulzio.
Esteticamente il Santuario presenta un imponente facciata con un grande sopralzo, chiuso da un frontone semicircolare. La facciata è rivestita a tratti in marmo bianco del luogo, lo stesso marmo che è stato utilizzato per decorare il portale maggiore e i due grandi finestroni che si trovano ai lati.
Il portale principale, in particolare, è stato realizzato da Alessandro della Scala, impreziosito da serramenti finemente intagliati dall’austriaco Arnold Dieffolt e nella parte superiore è stato decorato con alcune sculture sempre realizzate con lo stesso marmo bianco.
Per quanto riguarda la parte interna il Santuario presenta tre navate con due campate e una cupola decorata dai fratelli Rodari di Como e sormontata da una statua girevole che raffigura S.Michele Arcangelo realizzata da Francesco Guicciardi.
L’altare maggiore è stato realizzato impiegando del marmo nero di Varenna intarsiato con altri marmi mentre nel presbiterio e nell’abside si trovano cinque tele dipinte da Giovan Battista Recchi nel periodo compreso tra il 1634 e il 1637.
Uno degli elementi più importanti del Santuario è la Cappella dell’Apparizione in cui si trova l’altare marmoreo, il gruppo ligneo policromo formato dalla Vergine, da Gesù e dagli angioletti e proprio dietro l’altare, luogo in cui durante l’apparizzione Maria posò i suoi piedi, il gruppo raffigurante l’Apparizione realizzato da Giovan Angelo Maino di Pavia intorno al 1520.
Altro elemento importante del Santuario è l’organo composto da 2200 canne in stagno e che è ancora funzionante grazie anche ai numerosi interventi di restauro effettuati nel corso degli anni. L’organo è sorreto da colonne in marmo rosso ed è abbellito con numerose decorazioni.